Salah satu kegiatan yang menjadi misi dari Fakultas untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi adalah
melalui kegiatan penelitian dibidang ekonomi, bisnis, dan akuntansi, yang tujuannya adalah menghasilkan penelitian yang dapat digunakan dan dibutuhkan oleh pasar, masyarakat dan negara.
Kegiatan penelitian ini juga bertujuan untuk meningkatkan mutu pendidikan bagi Fakultas. Untuk itu Fakultas selalu memberikan kesempatan dan dorongan bagi akademisi, baik dosen dan mahasiswa untuk melakukan penelitian yang dibiayai oleh Fakultas.
Pengembangan dan peningkatan mutu penelitian yang dilakukan oleh Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Prof.Dr. Moestopo (Beragama) adalah :
a. Meningkatkan jumlah dana penelitian yang berasal dari Fakultas, maupun luar Fakultas.
b. Meningkatkan sarana dan prasarana penelitian.
c. Mengembangkan hubungan kerjasama melalui institusi pendidikan, industri, pemda dan lembaga penelitian lainnya.
d. Meningkatkan pelatihan peneliti bagi dosen-dosen, serta mengikut sertakan dosen dalam kegiatan ilmiah melalui kegiatan kerjasama dengan organisasi Profesi.
e. Mengembangkan dan meningkatkan manajemen dan mekanisme pengelolaan penelitian secara lebih efisien, melalui pusat penelitian (Kapuslitdianmas) yang telah
ada.