Mahasiswa FEB Moestopo dibekali dengan ketrampilan software akuntansi terbaru, sehingga nantinya dapat menggunakan sistem akuntansi termutakhir di dunia kerja. Beberapa software akuntansi yang diajarkan di FEB Moestopo diantaranya Software Accurate yang dikembangkan bertujuan untuk terus memberikan kemudahan pencatatan keuangan dengan standar PSAK bagi beragam jenis usaha dari skala UKM, UMKM hingga perusahaan besar di Indonesia.
Selain itu, ada MYOB software akuntansi, kembangan Perusahaan software Australia yang menyediakan tool sistem akuntansi, perpajakan, lainnya untuk bisnis perusahaan kecil dan menengah.